Die Harmony® Test-Technologie arbeitet unabhängig vom GC-Gehalt einer Probe
Der Harmony® Test analysiert mit der DANSR-(Digital Analysis of Selected Regions)-Technologie zielgerichtet vorab definierte und sorgfältig ausgewählte Sequenzen der infrage kommenden Chromosomen 1. Andere NIPT-Verfahren, welche auf der rMPS-(random massively parallel sequencing)-Methode basieren, sequenzieren jeweils zufällig ausgewählte Sequenzen freier DNA.
Die zufällige Sequenzierung beim rMPS-Verfahren ist anfällig auf eine Verschiebung der sog. GC-Verteilung. Diese wird unter anderem durch eine Therapie mit niedermolekularem Heparin hervorgerufen 2, 3. Aus diesem Grunde kann eine LMWH-Therapie bei den rMPS-Verfahren zu vermehrtem Testversagen sowie zu vermehrten falsch-positiven und falsch-negativen Ergebnissen führen 4.
Die beim Harmony® Test eingesetzte DANSR-Methode hat somit drei Vorteile:
- die untersuchten Sequenzen und damit deren GC-Verteilung ist vorher definiert und somit unbeeinflusst vom GC-Gehalt in der Blutprobe,
- die Analyse der fetalen DNA-Fraktion erfolgt unabhängig vom GC-Gehalt 5 und
- die größere Sequenziertiefe auf den infrage kommenden Chromosomen sorgt für größere Sicherheit und kleinere Störanfälligkeit.
- Sparks AB, Wang ET, Struble CA, Barrett W, Stokowski R, McBride C, Zahn J, Lee K, Shen N, Doshi J, Sun M, Garrison J, Sandler J, Hollemon D, Pattee P, Tomita-Mitchell A, Mitchell M, Stuelpnagel J, Song K, Oliphant A. Selective analysis of cell-free DNA in maternal blood for evaluation of fetal trisomy. Prenat Diagn. 2012 Jan;32(1):3-9. doi: 10.1002/pd.2922. ↩
- Chiu RW, Sun H, Akolekar R, Clouser C, Lee C, McKernan K, Zhou D, Nicolaides KH, Lo YM. Maternal plasma DNA analysis with massively parallel sequencing by ligation for noninvasive prenatal diagnosis of trisomy 21. Clin Chem. 2010 Mar;56(3):459-63. doi: 10.1373/clinchem.2009.136507. ↩
- Fan HC, Quake SR. Sensitivity of noninvasive prenatal detection of fetal aneuploidy from maternal plasma using shotgun sequencing is limited only by counting statistics. PLoS One. 2010 May 3;5(5):e10439. doi:10.1371/journal.pone.0010439. ↩
- Lutz M, Lifecodexx Newsletter März 2015 ↩
- Sparks AB, Struble CA, Wang ET, Song K, Oliphant A. Noninvasive prenatal detection and selective analysis of cell-free DNA obtained from maternal blood: evaluation for trisomy 21 and trisomy 18. Am J Obstet Gynecol. 2012 Apr;206(4):319.e1-9. doi: 10.1016/j.ajog.2012.01.030. ↩
Die Harmony® Test-Technologie arbeitet unabhängig vom GC-Gehalt einer Probe
Der Harmony® Test analysiert mit der DANSR-(Digital Analysis of Selected Regions)-Technologie zielgerichtet vorab definierte und sorgfältig ausgewählte Sequenzen der infrage kommenden Chromosomen 1. Andere NIPT-Verfahren, welche auf der rMPS-(random massively parallel sequencing)-Methode basieren, sequenzieren jeweils zufällig ausgewählte Sequenzen freier DNA.
Die zufällige Sequenzierung beim rMPS-Verfahren ist anfällig auf eine Verschiebung der sog. GC-Verteilung. Diese wird unter anderem durch eine Therapie mit niedermolekularem Heparin hervorgerufen 2, 3. Aus diesem Grunde kann eine LMWH-Therapie bei den rMPS-Verfahren zu vermehrtem Testversagen sowie zu vermehrten falsch-positiven und falsch-negativen Ergebnissen führen 4.
Die beim Harmony® Test eingesetzte DANSR-Methode hat somit drei Vorteile:
- die untersuchten Sequenzen und damit deren GC-Verteilung ist vorher definiert und somit unbeeinflusst vom GC-Gehalt in der Blutprobe,
- die Analyse der fetalen DNA-Fraktion erfolgt unabhängig vom GC-Gehalt 5 und
- die größere Sequenziertiefe auf den infrage kommenden Chromosomen sorgt für größere Sicherheit und kleinere Störanfälligkeit.
- Sparks AB, Wang ET, Struble CA, Barrett W, Stokowski R, McBride C, Zahn J, Lee K, Shen N, Doshi J, Sun M, Garrison J, Sandler J, Hollemon D, Pattee P, Tomita-Mitchell A, Mitchell M, Stuelpnagel J, Song K, Oliphant A. Selective analysis of cell-free DNA in maternal blood for evaluation of fetal trisomy. Prenat Diagn. 2012 Jan;32(1):3-9. doi: 10.1002/pd.2922. ↩
- Chiu RW, Sun H, Akolekar R, Clouser C, Lee C, McKernan K, Zhou D, Nicolaides KH, Lo YM. Maternal plasma DNA analysis with massively parallel sequencing by ligation for noninvasive prenatal diagnosis of trisomy 21. Clin Chem. 2010 Mar;56(3):459-63. doi: 10.1373/clinchem.2009.136507. ↩
- Fan HC, Quake SR. Sensitivity of noninvasive prenatal detection of fetal aneuploidy from maternal plasma using shotgun sequencing is limited only by counting statistics. PLoS One. 2010 May 3;5(5):e10439. doi:10.1371/journal.pone.0010439. ↩
- Lutz M, Lifecodexx Newsletter März 2015 ↩
- Sparks AB, Struble CA, Wang ET, Song K, Oliphant A. Noninvasive prenatal detection and selective analysis of cell-free DNA obtained from maternal blood: evaluation for trisomy 21 and trisomy 18. Am J Obstet Gynecol. 2012 Apr;206(4):319.e1-9. doi: 10.1016/j.ajog.2012.01.030. ↩
